Organy w kościele zakonnym Braci Mniejszych w Kobylinie istniały zapewne już w XVII w. Spis zakonników pochowanych w kryptach kobylińskich przynosi nam wzmiankę o trzech organistach, którzy zmarli w latach: 1708, 1737, 1748. Natomiast w kronice klasztoru znajduje się informacja, iż w roku 1762 „ówczesny gwardian o. Archanioł Miastkowski zamówił u mistrza Kazimierza Kowalskiego budowę organów na chórze za 6000 złotych”. Najprawdopodobniej wówczas powstały organy, których niezwykle bogaty architektonicznie prospekt możemy podziwiać do dzisiaj.
Rok 1898 to data umieszczona w szafie organów obok nazwiska organmistrza W. Jurkowskiego świadcząca zapewne o przeprowadzonym remoncie lub konserwacji. Niestety brak jest dokładnych informacji na temat tego instrumentu. Został on zdewastowany podczas wojny, kiedy to kościół i klasztor skonfiskowano na rzecz III Rzeszy.
Obecny instrument jest dziełem organmistrza Władysława Kaczmarka. Został on zbudowany tuż po II Wojnie Światowej. Wykorzystane do tego celu zostały prospekt i szafa poprzednich organów, wewnątrz której zainstalowano nowy instrument. Wskutek tego wszystkie piszczałki prospektowe (czyli te, które widać z zewnątrz) są atrapami. Głosy sekcji I manuału zostały umieszczone w lewej szafie, głosy pedału w prawej, a głosy sekcji II manuału – tuż za pozytywem koronnym prospektu.
Organy posiadają wiatrownice stożkowe i jeden miech magazynowy. Stół gry początkowo był zainstalowany wewnątrz instrumentu, pod sekcją II manuału. Ponieważ musiało to stanowić duży dyskomfort dla organisty, na przełomie lat 60 i 70 przesunięto go bardziej do przodu i ustawiono bokiem do ołtarza.
W 2005 roku instrument praktycznie nie nadawał się do użytku. Grało w nim zaledwie kilka głosów, a całość instrumentu była silnie zniszczona przez szkodniki. Podjęto więc starania związane ze stopniowym remontem instrumentu, który został zakończony w 2013 roku.
W roku 2014, dzięki hojności parafian, zespół brzmieniowy instrumentu został powiększony o nowy głos językowy – Trąbkę 8`. Rozbudowa ta znacznie rozszerzyła możliwości instrumentu i niejako sprowokowała powiększenie sekcji pedału o dodatkowy głos językowy. W związku z tym wiosną 2017 roku organy zostały ubogacone o kolejny głos – Bombard 16`. Ponieważ możliwości finansowe pozwoliły tylko na zakup piszczałek pierwszej oktawy, pozostałe dźwięki tego głosu są transmisją z manuałowej trąbki. Rozbudowa ta umożliwiła także dodanie do sekcji pedału indywidualnego rejestru Trąbka 8`, który jest w całości transmisją z sekcji I manuału. W związku z powiększeniem organów o nowe głosy konieczna była rozbudowa stołu gry. Między innymi nad klawiaturą pedałową zainstalowano pistony, które uruchamiają dodatkowe funkcje instrumentu. W listopadzie 2017 roku zainstalowano nową dmuchawę.
Obecnie organy są pod stałą opieką organmistrzowską i zadowalająco służą zarówno podczas sprawowanej Liturgii, jak również organizacji koncertów muzyki organowej.
Dyspozycja organów (23 głosy)
Manuał I
- Bordun 16′
- Pryncypał 8′
- Gamba 8′
- Gemshorn 8′
- Portunal 8′
- Oktawa 4′
- Kwinta 2 2/3′
- Mikstura 4 ch.
- Trąbka 8`
Manuał II
- Pryncypał skrzypcowy 8′
- Aeolina 8′
- Vox coelestis 8′
- Klarnet labialny 8′
- Kwintaton 8′
- Flet kryty 8′
- Flet harmoniczny 4′
- Pikolo 2′
Pedał
- Wiolon 16′
- Subbas 16′
- Oktawbas 8′
- Cello 8′
- Bombard 16` *
- Trąbka 8` **
* od c do d`- transmisja z głosu manuałowego Trąbka 8`
** transmisja z głosu manuałowego Trąbka 8`
Połączenia:
II-I, I-P, II-P, I Super, II Super, II-I Sub.
Urządzenia dodatkowe:
jedna wolna kombinacja, rejestry zbiorowe (P, MF, F, FF, T),
automat pedałowy, pedał crescendo, tremolo, wyłącznik głosów językowych.
Funkcje uruchamiane pistonami nad klawiaturą pedałową:
crescendo, automat pedałowy, wyłącznik głosów językowych, tremolo,
łącznik super I, general tutti.
Traktura instrumentu:
rejestrowa i tonowa – pneumatyczna
(z wyjątkiem głosów językowych, które zostały wyposażone w trakturę elektryczną).
Opieka nad instrumentem:
Organmistrzostwo – Tomasz Sowiński,
o. Ksawery Majewski OFM.
